В начале сериала зритель наблюдает, как та самая Люси, прикованная обнажённая девушка с металлическим шлемом на голове, непостижимым образом убивает двух охранников и при помощи их ключей покидает покореженную клетку. Освободившись, Люси спокойно идёт по лаборатории и хладнокровно убивает всех попадающихся ей на пути людей, то разрывая их тела на части, то метая в них с большой силой предметы, используя для этого свою нематериальную способность — «векторы».
Её не могут задеть пули, отлетающие от векторов, и она не останавливается ни перед чем, убивая и вооружённую охрану, и случайно попавшуюся перед ней помощницу директора лаборатории Курамы, Кисараги, причём прямо на его глазах. В сериале Кисараги умирает сразу, в манге же Люси берет её в заложники, но самоотверженная Кисараги требует убить и её, и Люси отрывает ей голову. Уничтожив охрану, Люси почти выбирается из лаборатории, находящейся на небольшом острове среди моря. Но в этот момент снайпер выстреливает в неё из противотанковой винтовки. Выстрел оказывается не очень точным — Люси повернула голову, и пуля вместо затылка попала в шлем. В результате Люси оглушило, но она осталась жива.
В это же время молодой человек по имени Кота после многолетней разлуки приезжает в город и встречается со своей двоюродной сестрой Юкой. Брат и сестра поселяются в старой заброшенной гостинице. Позже на пляже Кота и Юка встречают выходящую из воды обнажённую девушку с длинными розовыми волосами и «рожками» на голове, произносящую только непонятное «Ню-ю». Она ранена и беззащитна, поэтому Кота и Юка дают ей одежду и оставляют её жить у себя гостинице, в которую поселился Кота. Они дают ей имя "Ню", так как это единственное слово, которое произносит незнакомка. Ни Кота, ни Юка не подозревают, что подобранная ими девушка на самом деле — мутант, обладающий сверхъестественными способностями и чудовищной силой. Люси-Ню страдает раздвоением личности: Ню — девушка с сознанием трехлетнего ребёнка, Люси же убивает без сожаления. И та, и другая ипостаси поочередно сменяют друг друга.
Мораль фильма: несмотря на всю жестокость, это аниме учит гуманизму. Оно учит уважать людей и помогать им, несмотря на различия во внешности или положения в обществе. В сериале много раз произносится фраза: «Никогда не прощу!». На самом же деле персонажи постоянно прощают друг другу ошибки прошлого и настоящего, что видно из их действий.